Durch die Kombination von Ionenmobilitäts-Massenspektrometrie (IM MS) mit Time-of-FlightMS (Tof MS) hat Waters die Strukturanalyse von Peptiden, Proteinen und Proteinkomplexen revolutioniert. Mithilfe der SYNAPT Massenspektrometer von Waters konnten wichtige Fortschritte bei der Bestimmung der Gesamtgröße, der Form und der Sub-Unit Architektur von Proteinkomplexen erzielt werden. Bei post-translationalen Modifizierungsstudien ermöglicht SYNAPT G2-Si zudem eine einzigartige Implementierung von ETD. ETD wird in der Trap-Region des Triwave-Geräts durchgeführt, was die optionale, ergänzende Aktivierung von Ionen durch CID ermöglicht. Alles in allem ermöglicht die Waters Omics Discovery Platform die umfassende Charakterisierung der primären und tertiären Struktur von Proteinen.