Progenesis QI
Repérez les composés qui varient significativement dans vos échantillons
Proposant un workflow très intuitif guidé par des menus, le logiciel Progenesis QI vous permet de quantifier et d’identifier avec exactitude les composés qui changent de manière significative dans vos échantillons. Le logiciel Progenesis QI vous aide à relever les défis de l’analyse de données en vous permettant de détecter de manière rapide, objective et fiable des composés d’intérêt et d’exporter les résultats pour des applications de recherche en sciences omiques.
Le logiciel Progenesis QI est une plateforme indépendante qui prend en charge les formats universels tels que .mzML et .mzXML. Pour plus d’informations sur le logiciel Progenesis QI, consultez le site Internet www.nonlinear.com.
Progenesis QI
Présentation
- Recherchez facilement les données de composés à l’aide de LipidBlast, ChemSpider, Elemental Composition, Metlin ou de la méthode de recherche MetaScope de Waters.
- Réduisez le nombre de faux positifs en utilisant plusieurs paramètres de recherche : masse exacte, fragments MS/MS, distribution des isotopes, temps de rétention et section efficace de collision (CCS).
- Importez les résultats d’identification, y compris les structures chimiques à partir de bases de données au format SDF et des liens Internet intégrés dans les détails des composés.
- Trouvez rapidement des composés qui changent significativement, par exemple en fonction de la valeur p de l’analyse de variance (ANOVA), du facteur de variation ou de la puissance.
- Visualisez l’abondance relative des composés à l’aide des graphiques de profil d’abondance des composés.
- Intégrez facilement les résultats avec d’autres plateformes bio-informatiques à l’aide d’options complètes d’exportation des données.
- Vérifiez et modifiez la déconvolution des adduits de composé utilisée pour quantifier et identifier un composé.
Utilisation recommandée : pour détecter de manière rapide, objective et fiable des composés d’intérêt lors de l’analyse de données LC/MS.
En-tête des fonctionnalités
Donnez du sens aux données complexes grâce à un affichage performant
Le logiciel Progenesis QI propose une fonctionnalité intégrant un affichage de données hautement graphique et attrayant qui permet de visualiser et de comprendre pleinement les données, pour des mesures plus fiables. Les cartographies d’intensité des ions illustrant en deux dimensions le temps de rétention, le rapport m/z et les intensités ainsi que l’affichage des données de spectrométrie de masse et des chromatogrammes constituent une assurance qualité des procédés d’alignement automatique, de sélection des pics et de déconvolution des adduits pour chaque échantillon.
Quantification exacte des composés
Le logiciel Progenesis QI mesure avec exactitude et fidélité les paramètres des composés à partir de la somme des intensités des ions. Les adduits des composés sont automatiquement déconvolués, pour une quantification exacte à partir de toutes les données disponibles. Il est alors possible d’identifier les composés dont l’abondance varie de façon statistiquement significative d’un groupe à l’autre. Un grand nombre d’échantillons de différents groupes peut être exploré, ainsi que divers systèmes de comparaison au sein d’une seule expérience. Le résultat consiste en une liste de composés d’intérêt destinés à être ensuite caractérisés.
Identification fiable des composés grâce à de nombreux paramètres de recherche
Le logiciel Progenesis QI permet d’identifier les composés non seulement à partir de la masse neutre, de la distribution isotopique et du temps de rétention, mais également à partir des fragments MS/MS et des mesures de la section efficace de collision (CSS) à l’aide du nouveau moteur de recherche Metascope de Waters. La recherche dans les bases de données avec différents paramètres améliore considérablement la spécificité des recherches et augmente les chances d’une identification correcte de vos composés.
Identifiez plus facilement les composés d’intérêt
L’identification des composés demeure toujours l’un des principaux goulots d’étranglement dans les études dites « omiques » des petites molécules. Nous offrons donc un accès à de nombreuses bases de données afin d’améliorer vos chances de trouver vos composés d’intérêt. Les différentes méthodes de recherche de composés proposées sont notamment les suivantes :
- Toutes les bases de données au format .SDF
- Bases de données internes au format .CSV
- Base de données Metlin
- Bases de données de la Royal Society of Chemistry à l’aide du module ChemSpider
- Base de données Lipidblast
- Bibliothèques MS/MS et NIST MS
Vous pouvez également trouver des composés d’intérêt à l’aide d’outils statistiques compris dans le logiciel Progenesis QI, notamment :
- Analyse de variance (ANOVA)
- Analyse en composantes principales (PCA)
- Regroupement hiérarchique
Vous pouvez également tirer parti de statistiques avancées via une parfaite intégration avec EZInfo 3.0 (Umetrics) pour accéder à des fonctions telles que l’analyse supervisée et les tracés S-Plot.
Réduisez les goulots d’étranglement et rationalisez les procédures
Grâce à ses menus interactifs, la méthodologie du logiciel Progenesis QI guide les utilisateurs à travers les étapes expérimentales du logiciel. Si nécessaire, l’automatisation des tâches permet de parcourir sans encombre les différentes étapes afin de multiplier les possibilités de traitement sans surveillance des données pendant la nuit ou le week-end. Avec Progenesis QI, vous bénéficiez des atouts suivants :
- Sélection et alignement automatiques de l’analyse de référence
- Normalisation et sélection automatiques des pics
- Conception expérimentale automatisée à partir de fichiers .CSV et .SPL
- Automatisation possible de toutes les étapes, jusqu’à l’identification des composés
La rationalisation des expériences en sciences omiques commence par réduire le goulot d’étranglement au niveau de l’interprétation de la liste des découvertes : quel est le processus biologique sous-jacent aux changements observés ? L’analyse des voies biologiques, ou « Pathway Analysis », permet de répondre à cette question et de valoriser au mieux les données des recherches en sciences omiques. Le logiciel Progenesis QI offre des outils d’exportation permettant de le lier rapidement et facilement à d’autres programmes de Pathway Analysis.
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