プロテオームとは

ギリシア語で総体を意味する「オーム (ome)」とタンパク質「プロテイン (protein)」を組み合わせた造語で1995年ころに提唱されたものです。プロテオーム解析の場合にはプロテオミクス (proteomics) ともよばれています。遺伝子の総体をあらわすゲノム (genome) からはじまったいわゆるオーム、オミクスの一分野であり、その他には mRNA の総体をあらわすトランスクリプトーム (transcriptome) や代謝物質などの低分子化学物質の総体をあらわすメタボローム (metabolome) などがあります。

 

プロテオーム解析・プロテオミクス

プロテオーム解析・プロテオミクスとは、生体内のタンパク質の構造と機能に関する包括的な研究です。さらにはプロテオミクスにも構造プロテオミクスや相互作用プロテオミクス、リン酸化プロテオミクス、疾患プロテオミクスなどの着目するタンパク質の特定や対象とする現象を限定した派生分野があります。

 

プロテオーム解析・プロテオミクスと質量分析

プロテオーム解析においては、当初は二次元電気泳動法によって生体内などの総タンパク質を個々のタンパク質に分画した後に、それぞれのタンパク質のスポットをトリプシンなどの消化酵素でペプチドに断片化し、MALDI(マトリックス支援レーザー脱離/イオン化)法による質量分析で測定し、ペプチドのプリカーサーイオンの質量情報からデータベース検索を行うペプチドマスフィンガープリンティング (PMF) 法でタンパク質の同定を行っていました。

その後、LC/MS 技術やインフォマティクス(ソフトウェア)の進展により、非常に複雑なタンパク質の混合物を分画することなく消化しペプチドとした後、ナノ LC によって分離しESI(エレクトロスプレーイオン化)法による質量分析で測定し、さらにCID(衝突誘起解離)によってフラグメント化しペプチドの配列情報をも取得し、それらの情報からデータベース検索を行うことでタンパク質を網羅的に同定するいわゆるショットガンプロテオミクスが主流となっています。

ウォーターズはプロテオミクスに関するソリューションおよび専門知識で、この分野をリードしています。ウォーターズの MS ベースシステムはタンパク質の探索、特性解析、定量、およびバリデーションの効率を最大限まで高めるための独自のツールを備えています。

ウォーターズは、プロテオミクス研究に携わるラボの挑戦的な要求に応えるため、最先端の分析ソリューションを提供しています。ナノスケールの LC-MS/MS から、データに依存しない取り込みに関するウォーターズの先進的な取り組み、そして独自のイオンモビリティー分離まで、ウォーターズの最先端システムは、タンパク質の定量的および定性的探索、同定、翻訳後修飾の複合的な研究において最大限の情報を得ることができる独自のツールです。

 

 

従来のDDA (Data Dependent Analysis) による大腸菌タンパク質のショットガンプロテオミクス

 

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